（一）与中外合资经营企业不同的组成原则、中外合作经营企业的中外合作者的投资、收益分配、风险债务的分担，以及企业终止时剩余财产的分配等，企业，均由合作双方在合作合同中约定，一般不与各方的出资比例直接相联系，不采取股权的方式计算合作企业各方合作者的投资、收益分配及风险债务的分担。合作者享受的权利和承担的义务均与出资无关。

（二）与中外合资经营企业不同的出资方式。中外合作经营企业的合作各方，以实物出资或者提供场地使用权、工业产权等合作条件的，一般不折价，不计算合作各方的出资比例。从法律的角度看，法律对中外合作经营企业的合作外方没有出资比例的法定要求。

（三）与中外合资经营企业不同的分配方式。中外合资经营企业合资各方的收益分配，都是在企业税后利润中根据各方的出资比例进行分配。而中外合作企业的收益分配是多样的，企业与企业之间很可能在选择分配方式上有较大的差异。有的企业的收益分配是在税后进行的，有的企业则在税前直接分配产品或者营业收入。不管哪种分配方式，都是由合作双方通过协商确定。最后落实到合同文本上。

（四）与中外合资经营企业不同的投资回收方式。中外合资经营企业在合营期间不得擅自减少注册资本，合资各方可以从企业清偿债务后剩余的财产中收回投资本金。中外合作经营企业则不同，根据法律规定，如果中外合作者在合作合同中约定，合作期满时合作企业的全部固定资产归中国合作者所有的，可以在合作企业合同中约定外国合作者在合作期限内先行收回投资，但仍应依照有关法律的规定及合同对合作企业的债务承担责任。先行收回投资可以通过分得较多的利润、产品或者抽取固定资产折旧费的形式完成。

（五）与中外合资经营企业有着不同的内部组织机构。中外合资经营企业只要采取有限责任组织形式的，都要依照法律的规定成立董事会，董事会的人员构成；议事规则均要符合法律规定。中外合作经营企业按法律规定可以不设董事会而设联合管理机构，由联合管理机构的组成人员决定企业的重大事宜。联合管理机构可以决定任命或聘请总经理负责合作企业的日常经营管理工作。总经理对联合管理机构负责。另外，中外合作经营企业依法律的规定，经联合管理机构一致同意；可以聘请中外合作者以外的他人经营管理，表现特别突出的有饭店餐饮业、房地产业和公共交通服务业等。